La stagione dei kart si è conclusa nel Regno dei Funghi così Mario e Peach si sono recati in Egitto per trascorrere una bella vacanza. Tuttavia, come ci si potrebbe aspettare, Mario si ritrova di nuovo nei guai quando scopre un'antica pistola gigante che si attiva e spara due grandi proiettili contro il nostro eroe. Il suo unico modo per scappare è correre finché non trova l'oggetto magico che distruggerà i proiettili giganti. Ma questo oggetto è ben nascosto e c'è molta strada da fare prima di raggiungerlo, quindi Mario deve sfuggire a molte trappole, confrontarsi con zombi e mummie e trovare un modo sicuro tra molti ostacoli.